针对电力系统中微机保护装置实时性、速动性的要求，详细介绍了短数据窗傅氏算法在微机保护装置中的应用，包括采样点数的选择，装置软硬件对算法的影响，特定频率、冲击干扰以及系统频率漂移的影响等。经分析得出：采用12点短数据窗傅氏算法时，系统频率漂移和A/D转换芯片精度的影响较小，但滤除2次～6次谐波时短数据窗效果不很明显。当采用24点算法时，短数据窗效果比较明显，可缩短至10 ms左右，但采样速率必须随时跟踪系统频率的变化，且A/D转换芯片的精度必须足够高。