串联补偿设备往往通过注入变压器补偿电源侧电压质量问题，保证重要负荷的电压质量。然而，注入变压器铁心磁通会因为补偿注入电压初始相角的不同，在很大范围内变化，可能造成注入变压器的过度饱和，不但产生极大的激磁涌流、引起注入补偿电压的畸变，对变压器、逆变器的安全运行造成威胁，还会大大增加继电保护误动作的可能性，降低供电可靠性。分析了注入变压器发生过饱和的机理，提出了抑制注入变压器发生过饱和的高次谐波注入控制策略及算法，并通过计算和仿真验证了算法的正确性。