在综合阻抗矩阵的故障补偿算法的基础上，分析了线路非端点位置故障以及同一条线路多重故障等复杂情况下的补偿电流计算。基于线性网络的基本理论，该算法通过补偿电流的分解以及综合阻抗矩阵的扩展等网络变换方法，能够在复杂故障情况下保持网络的拓扑节点数不变，从而保留故障补偿算法的优点。同时，该算法对任意故障设置下的故障补偿电流计算都具有规范统一的形式，便于计算机编程实现，进一步提高故障计算的速度。